卫生部规定接受抗菌药物治疗的住院患者微生物检验样本送检率不低于30%（卫办医政发〔2011〕56号）。特介绍微生物检验项目，方便统计与分析点评。细菌检验为感染性疾病诊断和治疗提供依据：
目标性治疗：提高微生物的送检率与检出率，有利于诊断与使用抗菌药。
经验治疗：根据本地区病原菌类型时间、区域、耐药谱等使用抗菌药。
调整治疗方案针对性用药：获得准确病原菌和细菌药敏结果。
细菌培养的临床意义
细菌培养与其它检验项目不同，由于其样本采集易受杂菌的干扰和培养条件的限制，因而造成检测结果有时与临床不完全一致，故在分析细菌培养报告时应明白：细菌培养阴性不代表无细菌感染、细菌培养阳性不代表该菌一定是病原菌，应结合患者具体情况而定。
1、血液和骨髓培养
目前血液培养仍然是菌血症和败血症的细菌学检验的基本方法，并且广泛地应用于伤寒、副伤寒及其它细菌引起的败血症的诊断。菌血症系病原菌一时性或间断地由局部进入血流，但并不在血中繁殖，无明显血液感染临床征象。常可发生在病灶感染或牙齿感染，尤以拔牙、扁桃体切除及脊髓炎手术后等多见。败血症是指病原菌侵入血流，并在其中大量生长繁殖，造成身体的严重损害，引起显著的全身症状（如不规则高热与全身中毒等症状），它多继发于组织器官感染，尤其是当机体免疫功能低下、广谱抗生素和激素的应用及烧伤等。
单次的血培养结果，对临床无鉴别指导意义，应多次多部位采集血液进行培养，才可判定检出菌究竟是病原菌还是污染菌。
抽血时应特别注意皮肤消毒和培养瓶口的灭菌。
2、脑脊液培养
正常人的脑脊液是无菌的，故在脑脊液中检出细菌（排除操作中的污染） 应视为病原菌。引起脑膜炎的细菌种类不同，化脓性脑膜炎病原菌多为脑膜炎奈瑟菌，除此之外尚有肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌等。
3、尿液培养
尿液细菌培养对于膀胱和肾脏感染的及早发现和病原学诊断很有价值，对于尿道、前列腺以及内外生殖器的炎症也有一定价值。尿液中出现细菌通常称为菌尿症，如果尿液本身澄清但培养出细菌，一般为标本采集时未彻底消毒尿道口引起。如果细菌培养阳性同时伴有脓尿出现，则提示有尿路感染的可能（需指出轻度感染时可无脓尿出现）。泌尿系感染常见菌为大肠埃希菌、葡萄球菌、链球菌、变形杆菌等，除结核分枝支杆菌外，这些细菌又是尿道口常驻菌，极易引起标本留样污染，应注意鉴别。某些真菌疾病，如曲菌病在播散时也可造成肾脏感染，且尿中也能检查到。
尿液的细菌学培养具有重要的诊断意义，但培养阴性并不能否定泌尿道感染，一般应注意病程、采样的时机、方法以及其它原因的影响。
尿道口的消毒是中段尿细菌培养的关键步骤，是引起假阳性的最主要因素，故尿液细菌培养阳性要注意排除留样污染，如果检出菌的数量大于10万CFU/ml,则基本可认为是病原菌
4、痰液和咽拭子标本的培养
痰液及支气管分泌物的细菌学检验对于呼吸道疾病的诊断、治疗具有一定的意义。对无法咳痰的患者，用咳嗽后的咽拭子做培养检查，仍是发现致病菌的主要依据。
人体口腔、鼻咽部等上呼吸道内存在有大量的正常菌群，故痰液标本的收集易受到这些部位细菌的污染，尤以慢性呼吸道感染多见，这直接干扰细菌培养的结果。另外患者接受某些药物的治疗，使病原菌生长受到抑制，这样也可影响阳性检出率。因此在分析结果时，应密切结合临床。在慢性支气管炎、支气管扩张和肺脓肿时，最好直接自支气管抽取分泌物进行细菌培养。
呼吸道标本的细菌常采取半定量计数，如果检出菌的量大于正常菌群的量，可基本认为系病原菌。
5、粪便标本的培养 肠道中细菌种类受食物的影响，除人乳喂养的婴儿肠道内以革兰阳性菌为主外，其余的人肠道内均以革兰阴性菌占优势，一般不致病。金黄色葡萄球菌、沙门菌、志贺菌、致病性大肠埃希菌（ETEC、EAEC、EPEC、EIEC、EHEC等）、弧菌属（霍乱弧菌、副溶血弧菌）、气单胞菌、邻单胞菌、小肠结肠炎耶尔森菌、假丝酵母菌、艰难梭菌、结核分枝杆菌、产气荚膜梭菌和弯曲菌等是肠道的致病菌，肺炎克雷伯菌和奇异变形杆菌可引起婴幼儿腹泻。
6、无菌体液标本的培养
（1）胸水 胸水最常见的污染菌有凝固酶阴性葡萄球菌、枯草芽胞杆菌、草绿色链球菌或类白喉棒状杆菌等。漏出性胸水一般是无菌的，但应注意防止采样污染。肺外伤或肺破裂引起的血胸，常常受到葡萄球菌、链球菌或肺炎链球菌和某些革兰阴性杆菌等细菌侵袭而引起胸膜炎。原发性胸膜炎多由结核分枝杆菌引起，葡萄球菌、乙型溶血性链球菌、肺炎链球菌也可引起原发性胸膜炎。继发性胸膜炎常为肺炎、肺结核、肺脓肿或坏疽的合并症。细菌学检查对临床诊断颇有价值。
（2）心包液 正常人的心包液量少而无菌，而渗出性心包液则系感染所致。对于急性浆液纤维素性心包炎，最常继发于风湿热或继发于猩红热、败血症、牙龈的感染病灶、肺炎、脓胸、外伤或结核性胸膜炎、纵隔淋巴结炎、隔下脓疡向心包穿破蔓延。常见的细菌性感染有乙型溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、铜绿假单胞菌等。慢性心包炎最常见者为结核。
（3）关节液 关节囊内发生炎性渗出现象可能与淋病奈瑟菌、葡萄球菌及链球菌等感染有关。病原学诊断可由关节囊穿刺液培养获得证实。
其他部分的体液有无细菌存在以及存在何种细菌，应视其发生原因而定，并需通过细菌学检查而确诊。
7、生殖道标本的培养
生殖道标本的细菌学检查对性病诊断和其它细菌感染颇有价值。正常人的内生殖器是无菌的，而外生殖器和男性尿道口、女性阴道口存在着大量细菌。尿道口常有凝固酶阴性葡萄球菌、类白喉杆菌、非致病性抗酸杆菌等，阴道口常见有乳酸杆菌、大肠埃希菌、白假丝酵母菌、类白喉杆菌等。由于生殖器官正常菌群的存在常使细菌学诊断复杂化。因此对阴道、尿道、前列腺和子宫颈分泌物等标本的采集应特别注意生殖道外部情况，以减少杂菌的污染。
淋病是淋病奈瑟菌引起的尿道粘膜卡他性炎症，其主要传播途径为性接触直接传染,也可被细菌污染物间接传染。该菌主要侵犯粘膜,尤其对前尿道粘膜的单层柱状上皮和后尿道的粘膜移行上皮有很强的亲和力，故常见于泌尿生殖道感染。男性感染者可发展为前列腺炎、附睾炎，女性可引起前庭大腺炎、盆腔炎和阴道感染。革兰染色涂片镜检可快速报告，但对于女性病例诊断不能单凭涂片检查，而必须进行培养才可确诊。
8、厌氧菌培养
（1）由厌氧菌引起的人类感染在所有感染性疾病中占有相当大的比重，有些部位的感染如脑脓肿、牙周脓肿、盆腔脓肿等80%以上是由厌氧菌引起的，其中一部分是由厌氧菌单独感染，大部分则与需氧菌混合感染。
（2）厌氧菌大多感染密闭无氧的组织，故下列标本无送检价值：鼻咽拭子、齿龈拭子、痰和气管抽取物、胃和肠道内容物、肛门拭子、皮肤和黏膜分泌物、阴道或子宫拭子、褥疮溃疡分泌物等。
9、真菌培养
真菌广泛存在于自然界，如假丝酵母菌在人体的口腔、肠道、阴道及皮肤上均可分离出，住院患者的
上述标本中假丝酵母菌的分离率可达10～20%。真菌感染常发生在基础代谢差的患者，如大量使用激素、免疫抑制剂、长期广谱抗生素应用者，可引起呼吸道、泌尿道感染，甚至可致败血症、心内膜炎、脑膜炎等严重感染。对痰液、粪便等有正常菌群生长的部位检出的假丝酵母菌，应看数量多少决定治疗的必要性。
10、耐甲氧西林葡萄球菌（MRS）的检测 MRS 是methicillin-resistant Staphylococcus 的简称， 其耐药本质多由mecA基因介导产生低亲和力的青霉素结合蛋白(penicillin-binding protein) PBP2a , 导致和 β-内酰胺类药物的亲和力降低而呈现耐药。MRS阳性菌株不论其体外药敏结果如何，对青霉素类、头孢菌素类、碳青霉烯类、β-内酰胺/酶抑制剂的复合制剂，均无临床疗效。
11、超广谱β-内酰胺酶（ESBLS）的检测
ESBLS是extended-spectrum β-lactamases的简称，由质粒编码产生，产ESBLS的大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、产酸克雷伯菌、奇异变形杆菌以及其它肠杆菌科细菌，在临床上可能耐青霉素类、头孢菌素和单环类抗生素。目前实验室主要检测大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、产酸克雷伯菌和奇异变形杆菌四种细菌。产ESBLS细菌不论其体外药敏结果如何，应用青霉素类、头孢菌素和氨曲南药物治疗时无临床疗效。
12、HLAR（高水平耐氨基糖苷类）肠球菌的检测
HLAR是high-level aminoglycoside resistance 的简称，对于肠球菌治疗而言，氨基糖苷类、头孢类、克林霉素和磺胺类药物无临床疗效，临床应避免使用。但对严重威胁生命的肠球菌感染，如肠球菌引起的心内膜炎，在采用青霉素类或万古霉素（或****拉宁）进行治疗时，对于非HLAR的肠球菌加用庆大霉素或链霉素，常可获得协同作用。
13、AmpC酶的推断
AmpC酶属于Ambler C类或BushⅠ型β-内酰胺酶，由染色体介导产生，亦可由质粒介导产生，主要由肠杆菌属、枸橼酸杆菌属、沙雷菌属、摩根摩根菌和铜绿假单胞菌等细菌产生。AmpC酶能水解大多数青霉素、第一、二、三代头胞菌素和头霉素类抗菌素，高水平AmpC酶产生有两种机制：
① 在诱导剂存在时暂时高水平产生，当诱导剂不存在时，酶产量随之下降。三代头胞菌素、棒酸、头胞西丁和碳青霉烯类抗生素是该酶的强诱导剂。当使用三代头胞菌素治疗上述细菌引起的感染时，开始几天治疗奏效，而随后发生耐药时，应高度怀疑高产诱导型AmpC酶细菌的感染。
② 染色体上控制酶表达的基因发生突变，导致AmpC酶持续稳定高水平表达。
CLSI尚未提供可靠而简便的AmpC酶检测方法，临床可从体外药敏试验耐药表型进行初步推断，如果感染菌对第一、二、三代头胞菌素、加酶抑制剂的复合制剂和头霉素类抗生素耐药而四代头胞菌素敏感的可高度提示产AmpC酶，产AmpC酶感染菌的治疗首选四代头胞菌素和碳青霉烯类抗生素。
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