旷工一天扣三天工资不合法，因为根据法律，规定了用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资，旷工一天应当指扣除当天的工资，扣三天不合法。
因为根据国家相关法律法规的规定，规定了用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资，旷工一天应当指扣除当天的工资，扣三天不合法。
旷工是指员工请假没有获得批准或没有履行请假手续而未到岗上班的行为。对于旷工员工的处理方式，除了一般的行政处分与解除劳动合同之外，还有一些单位会采用扣工资的方式。对于劳动者的旷工行为应该用以下几种方式处理才符合法律规定：一是行政处分，直至解除劳动合同。
对于有旷工行为的职工，用人单位根据旷工的天数可以规定不同处分层级，比如警告、严重警告，直至解除劳动合同;二是赔偿损失。如果因为劳动者旷工使用人单位遭受经济损失的，用人单位可以向其主张损失赔偿。比如值班人员不到岗导致单位被盗;
三是扣减绩效考核分数。比如单位可以将绩效考核分数与绩效工资挂钩，并规定旷工一天，扣减绩效考核分数5分。劳动者旷工导致绩效考核分数降低，绩效工资自然降低。四是扣减奖金。在法律上，奖金支付属于企业自主权范畴，用人单位在制定奖金发放政策时，完全可以规定：旷工一天，免除当月全部奖金。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第三十条 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
《中华人民共和国劳动法》第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
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