离婚时农村自建房屋的分配首先需要明确是否属于夫妻共同财产，属于夫妻共同财产的，由双方协商分割，取得产权的一方需要对另一方进行补偿。属于个人财产的，则不需要进行分配。
婚前个人建造的房屋，属于个人财产，但是双方约定为共同财产的除外；婚后又双方共同建造的房屋属于夫妻共同财产，离婚时由双方协商分割。
【法律依据】
《民法典》第一千零八十七条，离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。
对夫或者妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。
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