法律依据不同。
劳动合同的法律依据是《劳动法》、《劳动合同法》等。聘用合同的法律依据是《关于在事业单位试行人员聘用制度意见的通知》和《事业单位人事管理条例》等。
2、法律关系主体不同。
劳动合同用人单位一方包括企业、事业单位、国家机关，另一方是劳动者。聘用合同用人单位为事业单位，另一方为劳动者。
3、未签订合同的法律后果不同。
《劳动合同法》，用人单位超过一个月不满一年未与劳动者签订劳动合同，应当支付劳动者双倍工资，用人单位应当与劳动者签订无固定期限劳动合同而未签订的，应向劳动者支付双倍工资。法律依据：《事业单位人事管理条例》，事业单位未与其聘用的人员签订聘用合同，由县级以上事业单位人事综合管理部门或者主管部门责令限期改正;逾期不改正的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。
4、试用期期限不同。
劳动合同中的试用期最长不得超过六个月。聘用合同的试用期可以为12个月。
5、用人单位存在处罚权上的不同。
在劳动合同主体上，双方具有同等法律地位，一方无分处分另一方。在聘用合同主体关系上，用人单位可以根据聘用人员错误程度，给予警告、记过、降低岗位等级或者撤职、开除的行政处分。
6、解除合同要求不同。
劳动合同中，用人单位未足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等，劳动者可以随时解除劳动合同。而在聘用合同中，用人单位未足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等，在事业单位的规定中没有劳动者可以随时解除聘用合同的规定。
7、合同期满是否支付经济补偿金的不同。
按劳动合同法的规定，劳动合同期满，用人单位应按劳动者工作年限支付经济补偿金，而《事业单位人事管理条例》和《关于在事业单位试行人员聘用制度意见的通知》没有聘用合同期满，用人单位支付经济补偿金的规定。
8、管理监督部门不同。
按照各部门的职能分工，劳动合同由人力资源和社会保障部门管理，事业单位除人力资源和社会保障部门管理外，还有分不同类型，则由不同的部门管理，学校归教育部门管理，医院归卫生健康部门管理，等等。
法律依据：《劳动合同法》第九十六条虽然规定：事业单位与实行聘用制的工作人员订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，法律、行政法规或者另有规定的，依照其规定;未作规定的，依照本法有关规定执行。但是，我认为，此条争议较大，在未对此条作出明确规定之前，不宜对事业单位法律适用问题作出扩大性的解释。
9、法律依据：《劳动法》
第八十二条 【不订立书面劳动合同的法律责任】用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
用人单位违反本法规定不与劳动者订立无固定期限劳动合同的，自应当订立无固定期限劳动合同之日起向劳动者每月支付二倍的工资。
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