法律分析：查不清的案子，可以根据具体情况做如下处理：
1、对原来认为“证据不足”的轻伤害案件经公安机关立案侦查终结后，应出具侦查终结报告书，送达双方当事人，并可对双方当事人进行说服教育，在双方当事人自愿的前提下，由双方当事人各自向公安机关写出调解申请书，在此基础上，公安机关可以组织调解结案。这样便于稳定双方情绪，及时化解矛盾；
2、对基本事实清楚、基本证据确实充分、且公安机关一时又不能说服双方当事人自愿调解的一般轻伤害案件，公安机关应当告知受害人向人民法院提起刑事附带民事诉讼。对公安机关侦查后认为伤害证据仍然不足，或难以查清，或公安机关不认为是犯罪的轻伤害案件，公安机关应当告知被害人向人民法院提起民事诉讼，要求对方承担民事责任；
3、即对符合一般公诉条件，案情复杂、社会影响或危害较大、公安机关已对被告人采取了强制措施、可以判处刑罚的轻伤害案件，公安机关应该将案件尽快移送检察机关依法提起公诉。
法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》
第一百六十一条 在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。
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