1、是为不同的目的而设置的，非营利组织的宗旨是促进公益性，不牟利，不追求投资的经济回报。营利组织追求利润，追求利润最大化和投资经济回报。2、不同的资金来源，非营利组织的资金来源主要包括：政府投资或财政支持；社会捐赠；政府、企业及其他社会组织和个人委托项目收取的费用；经管理部门批准，向社会提供有偿服务和其他合法收入的。营利性组织的资金来源主要是投资者直接投资或根据市场情况提供的独立经营活动和服务取得的收入。3、两者收入分配不同，非营利组织的收入只能用于自身发展，不能用于分配、对外投资或投资者的经济回报（内部职工薪资的自主调整以国家批准的薪资总额不变为前提）；营利组织可以自主确定收入使用方向，可以进行分配，也可以用于自身发展和对外投资。4、不同的税收政策有哪些，非营利组织因其公益性和非营利目的，享有合法的免税地位；营利组织因其性质和目的，不能享受免税政策有哪些。5、两者的验证和确定程序是不同的，非营利组织的非营利性质，由专门行政部门予以认定。营利性组织只要登记注册，就不需要对营利性质进行特殊认定。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第八十七条 为公益目的或者其他非营利目的成立，不向出资人、设立人或者会员分配所取得利润的法人，为非营利法人。非营利法人包括事业单位、社会团体、基金会、社会服务机构等。
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