在工厂交了社保，就不需要交农村合作医疗。因为社会保险中的医疗保险和新型农村合作医疗保险，都是医疗相关的保险，当事人只能选择其中一个缴纳相应费用。即使当事人通过其他的方式同时购买两种保险，也无法同时享受两种医疗保险待遇。
《中华人民共和国社会保险法》
第二十三条
职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
《中华人民共和国社会保险法》
第二十四条
国家建立和完善新型农村合作医疗制度。
新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
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