法律分析:不可以,公司无权从工资中扣除员工的违约金,如果公司有此行为,可以申请劳动仲裁。用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明,并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
法律依据:《中华人民共和国劳动合同法》 第三十条 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定,向劳动者及时足额支付劳动报酬。
用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的,劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令,人民法院应当依法发出支付令。
《中华人民共和国劳动法》 第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。