管理规章制度的违反会根据具体情况而定，一般来说会有以下几种惩罚措施：
警告：对于轻微违规行为，公司可能会先给予口头或书面警告，提醒员工注意规章制度，避免再次违反。
罚款：有些公司规定了对于违规行为需要支付一定金额的罚款作为惩罚，以起到震慑作用。
记过、记大过：对于严重违规行为，公司可能会做出记过或者记大过的处理，这会影响员工的晋升和奖金发放。
离职：严重违反公司规章制度的行为可能会导致员工被辞退，即使员工在公司表现良好也可能无法挽回。
法律责任：一些违规行为可能触犯法律，员工不仅会受到公司内部的惩罚，还可能需要承担法律责任。
为避免员工违反规章制度，公司可以加强员工教育培训，让员工充分了解公司的规章制度和相关法律法规；建立健全的监督制度，及时发现并处理违规行为；建立奖惩机制，对遵守规章制度的员工进行表彰激励，对违规员工进行惩罚，形成良好的企业文化。
例如，某公司对员工私自调休超过规定天数的情况，会先进行口头警告，然后给予一定数额的罚款，如果情节严重，可能会做出记过或者记大过的处理，甚至解除劳动合同。