微生物的分型依据：形态特征、生理生化特征、生态习性、血清学反应、噬菌反应、细胞壁成分、红外吸收光谱、GC含量、DNA杂合率、核糖体核糖酸相关度、rRNA的碱基顺序。
微生物包括：细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、显微藻类等在内的一大类生物群体，它个体微小，与人类关系密切。涵盖了有益和有害的众多种类，广泛涉及食品、医药、工农业、环保、体育等诸多领域。