关于华佗的死因，自古便是谜团，其中较为认可的几种说法大家早已耳熟能详，无外乎不好好给曹操治病而激怒曹操，没有什么新鲜感。那么华佗为什么不好好给曹操治病呢?这才是值得深究之处，也是解开他身死之谜的关键。
第一，曹操的头疾并不是什么要命的大病
第二，行医并不是华佗的追求
因此，华佗自恃医术高明，区区头疾完全在掌控范围内，因此一直不愿(或者本身就很难)为曹操根治，本想欲擒故纵，让曹操重视自己，没想到玩儿砸了，惹来了杀身之祸。
由于历史久远，症状有限，因此判断曹操的准确病情很难，但是却可以有一个大致的范围。
首先文献中提及“头风”，中医中把经久难愈的头疼称作头风，曹操的头风病二十多年的病史，终年65岁在三国时期也算是高寿，以此判断，头疼，并不是曹操的死因，而只是一种并发症。
根据“头疼欲裂、心慌目眩”等仅有的一些症状来看，曹操的头疼很有可能是由高血压、心脏病引起的，高血压、心脏病的诱因往往是过量饮酒、作息不规律、睡眠不足、过度劳累、情绪激动等等，这些与曹操的爱好和生活习惯很吻合，常年领兵在外、驰骋沙场，并且经常饮酒，使得曹操的心脑血管负担很重，患有高血压、心脏病不足为奇，因为休息不好或情绪激动而引发头疼也解释得通。
而高血压和心脏病，即使在现代医学条件下，也很难根治，但是缓解症状却并不是难事。因此华佗才断定此病为慢性病，需要“常随左右”。(《三国志》中的说法)
至于《三国演义》中所说的肿瘤、开颅等，可信度相对较低，一来缺乏有力的佐证，证明汉代即有开颅手术;二来，即使能开颅，碍于冶炼技术尚不成熟，精巧的切割工具很难锻造，精细的切割很难实施，更不要说后续的消炎了;三来，即使是良性肿瘤，也不敢保能在繁累的工作环境下活20年之久。
根据《三国志》和《后汉书》记载，华佗给曹操看病不成遭反杀统共分三步，第一步暂时治好了，第二步在身边看护一段时间，第三步借故休假不归，最终被曹操所杀。程序混乱、节奏拖沓，不符合名医的风格。
《后汉书》中说“(华佗)为人性恶，难得意，且耻以医见业。”《三国志》中记载“(华佗)以医见业，意常自悔。”
可见，华佗并不想一生行医，他接近曹操，并且常伴左右，很可能是想借机步入仕途。什么?您觉得一个医生想从政很异想天开?那您可能不知道后世有一个典型的成功案例-药王孙思邈，所谓一通百通，孙思邈不仅医术高超，还精于儒释道之所长，先后被唐太宗和唐高宗征召，虽然最后还是归隐山林，但是仍然被很多当代名士所推崇，其思想学说和医学理论在当时有很大的影响力。
华佗很可能就是想走这条路子，只不过由于出身的原因，这条路在汉末很难走得通，直到他遇到了曹操。
华佗的出身，很可能连“寒门”都算不上，在汉代，寒门起码也是“门”，只不过区别于士族，属于小地主阶级，华佗以“小技”为生，与士族寒门走出来的读书人完全没有可比性。
在汉代，选人用人采用的是察举制，就是由地方考察推荐，由中央选拔任用，出仕的基础是被举“孝廉”，而在汉末，这一权力完全掌握在士族手中，连寒门都没有机会出仕，何况华佗这种社会底层人士呢?
到了军阀割据时期，各方势力多依赖本地豪族，即便是走草根路线的刘备，中期都开始扶植益州本土豪强了，只有曹操，提出“唯才是举”的用人方针，打破了士族和豪强的垄断，让郭嘉、毛阶等一大批寒门子弟可以施展拳脚。
华佗正是看中了这一点，才欣然同意为曹操治病，在探明病因后，他知道这是一种需要长期调养的病，就更加有恃无恐，认为可以以此增加在曹魏阵营出仕的筹码。
但是事与愿违，很可能曹操觉得华佗就该好好治病，也能是曹魏人才太多，华佗在政治上的才华难以打动曹操，总之，华佗的出仕之路遇到了障碍，于是他就用了一招“欲擒故纵”，告假不归。
因为此间颇有疑点，如果华佗铁了心不想给曹操治病，那他一定知道下场，必死无疑，这种情况下他就该带着老婆逃离魏地，以免引来杀身之祸。但是恰恰相反，华佗不仅没走，还与曹操保持着书信往来，沟通顺畅，这就不禁让人遐想连篇。
最终，华佗被以“欺君之罪、不从知罪”处死，而这两条罪责都是出自《汉律》，常年行走江湖，华佗不可能不知道这两条是死罪，但是他却铤而走险、公然违抗，必然是有更大的追求。
只是可惜，曹操并不是那么容易就范，他觉得华佗能治病就好好治病，不能治，那就再也不用治了。与曹操相比，华佗的政治智慧稍显稚嫩。
因此，不安于现状，贸然挑战未知领域，很有可能是华佗身死的内在原因。